První doložená zmínka o kostele pochází z roku 1352, ve 14. století v želivském kraji stálo už 42 far a farních kostelů mezi nimi i Dušejov, Německá i Česká Vyskytná, Branišov, Nový Rychnov, Úsobí, Chvojnov. R. 1420 byl zpustošen a vypleněn želivský klášter a Želiv se stal sídlem husitské vrchnosti. Katoličtí kněží, působící na farách želivského panství byli vypuzeni a celá oblast na dalších 200 let se stává nekatolickou. Nekatoličtí kněží přicházejí i do kostela v Dušejově, který je nejvýchodnější výspou želivského panství a byli zde až do roku 1623.
Kostel byl v novější době filiálkou Branišova (předtím patřil k Úsobí a Krásné Hoře) a tamní farář zde sloužil mši každou čtvrtou neděli a jednou během křížových dnů a a to až do doby, než byl kostel pro chatrnost 30. 6. 1771 uzavřen a v r. 1780 byl zbořen, upraveno místo pro nový a terén vyrovnán. Ve farní kronice se píše: „ Velké stáří prvního kostela v Dušejově strženého r. 1780 dokazuje nejen pevnost jeho zdiva, ale i zachovaný zvon z 15. stol., který se jako nejlehčí zachoval, když do věže starého kostela uhodil blesk, ta shořela a ostatní zvony praskly. Tento zvon s letopočtem 1569, který určitě nebyl koupen z jiného kostela, ale ulit pro dušejovský kostel dosvědčuje velké stáří. Starý kostel zaujímal menší prostor, byl zděný na starý způsob, nízký s vysokou věží, uvnitř byl jeden oltář a dřevěný kůr. Ve spisech farního úřadu se dále píše, že při trhání bylo zdivo téměř nerozdělitelné a spojovací články pevnější než kameny. (To je ale v rozporu s tradovanou verzí, že původní kostel zmiňovaný již v roce 1352, byl dřevěný). Uzavřen zůstal 9 let, než došlo z vysokých míst povolení ke stavbě nového kostela z pražské arcibiskupské konzistoře, kam kostel ještě tehdy patřil.
Nový kostel se stavěl v letech 1780-1785 na místě původního kostela podle plánů pražského architekta a stavitele Jana Josefa Prachnera (1732-1792), který pocházel z rozvětvené rodiny pražských architektů a sochařů z období pozdního baroka a klasicismu, kteří přišli do Prahy někdy ve 30. letech 18. století z Bavorska.
Byly vykopány základy, když ale z Prahy přijel stavitel J. Prachner a zjistil, že základy pro nový kostel jsou menší oproti plánu, ne o mnoho větší než starý kostel, byly základy zasypány, terén urovnán a postupovalo se nyní přesně podle plánu.
Celková částka 5.181 zlatých (peníze od konzistoře, z kostelní pokladny, z důchodů) stačila však jen na vnější zdivo až nad okna. Dle nejvyššího nařízení z 5. 7. 1784 bylo na pokračování stavby povoleno 1969 zl., a kostel byl dokončen a zastřešen taškami. Ukázalo se však, že základy se zdmi nemohly unést tak těžkou střechu a ve zdech se objevily trhliny. Těžký krov musel být proto snesen, ze dřeva z kostelního lesa vyroben byl lehčí a střecha pokryta šindelem. Ve farní kronice se můžeme dále dočíst, že kostel je postaven dle plánu a po vlašském způsobu, je zděný včetně klenby (při poslední opravě v letech 1983-1987 po odstranění omítky se ukázalo, že je postaven z cihel). Kostel je dlouhý 14 rakouských sáhů, široký 4,5 sáhu a vysoký 7 sáhů (1 rakouský sáh je 1,896 m), stojí na kopci nad vsí proti podzimnímu východu slunce. Má hlavní a postranní dveře, po stranách presbytáře jsou dvě postranní kaple s oknem a dveřmi. Celý kostel je dlážděn kvádry, pod kostelem je hrobka 9 kroků dlouhá a 8 široká, do níž se dá dostat po zvednutí velkého kamene ve středu kostela po 8 kamenných stupních. Nad hlavním vchodem je věž vysoká 9, 5 sáhu.
Nový kostel byl dva roky zavřen, dokud nebyla dvorním dekretem z 24. 9. 1785 zřízena lokálie a kostel přestal být filiálkou Branišova. 1. července r. 1787 kostel vysvětil biskupský vikář Matyáš Swara a zasvětil ho opět sv. Bartoloměji
Vnějšek kostela byl tedy dokončen, uvnitř však nebylo nic. Z nouze nejprve sloužil oltář ze starého kostela, z něhož se zachovala jedině stará socha sv. Bartoloměje, později umístěna do výklenku nade dveřmi, dále byly přeneseny zvony a kamenná křtitelnice – je to raně gotická křtitelnice, která dokládá existenci kostela ve středověku – dnes je umístěna na levé straně před presbytářem. Ze zrušeného dominikánského kláštera (1784) v Jihlavě bylo koupeno 16 lavic a rokoková kazatelna, z branišovského kostela 3 staré oltářní obrazy a varhany byly dovezeny ze zrušeného kláštera cisterciaček v Pohledu.
Prvním lokalistou a zároveň i učitelem byl Václav Lameš a jeho působení a příchod do Dušejova volně zpracoval P. Jaroslav Moštěk ve své knížce Údržbáři chrámu vydané v roce 2002. Farnost tvořily obce Dušejov, Maršov, Boršov, Mirošov, Jedlov a Hubenov. V roce 1821 byl kostel poprvé od vystavění pokryt novým šindelem.
Kostel neměl od počátku vhodný oltářní obraz, ale používal starého obrazu v rámu (Všech svatých), koupeného v Branišově. Žádost o zajištění finančních prostředků na pořízení nového oltářního obrazu byla odeslána na příslušná místa, ale vyřizování trvalo několik let. Obraz pro dušejovský kostel vytvořil malíř Rudolf Wenzel Markowský za 180 zlatých. Obraz byl dokončen v roce 1836, dán do pozlaceného rámu a v následujícím roce dne 20. srpna 1837 dopraven do Dušejova. V podvečer svátku svatého Bartoloměje 24. srpna byl umístěn na náležité místo, na železný hák před oltářem.
Na jaře roku 1840 se v noci prolomila část klenby, druhý oblouk ve středu a mnoho kamenů na sáh délky spadlo dolů. Kostel byl na základě rozhodnutí komise až po první lavice uzavřen, na varhany se nedalo hrát a lid musel až do opravy kostela být blízko oltáře. Na podzim r. 1841 byla povolena oprava zřícené kostelní klenby, Krov byl opatřen dobře otesanými trámy, aby se v budoucnu již nerozpadl. Pak byla díra v klenbě zdola opravena a vyplněna cihlami a střecha včetně obou kaplí podruhé pokryta šindelem. R. 1854 spadla kopule nad varhanami a prostor musel být nově zaklenut.
R. 1856 byla lokálie Dušejov povýšena na samostatnou faru a kněží jsou už označování jako faráři. I když zápisy zdejších farářů hovoří spíše o náboženské vlažnosti obyvatel a o chudé faře, při sbírkách na kostel se vždy dala dohromady částka potřebná na opravu kostela.
Roku 1898 byly na věž kostela instalovány věžní hodiny. Ke kostelu nebyl dobrý přístup, a proto koncem 19. století byla obcí vybudována přístupová cesta a kolem cesty vysázeny lípy.
O nejrozsáhlejší opravu kostela se zasloužil hned po svém nástupu P. Albert Vaněk, který zde působil v letech 1893-1906. Od r. 1895 se začalo opravami vnitřku kostela, který byl ve velmi špatném stavu. Byl zbudován nový hlavní oltář i postranní oltáře byly namramorovány a některé ozdoby oltářů pozlaceny mistrem Ferdinandem Eiglem z Jihlavy. Obraz sv. Bartoloměje byl vsazen do oltářní nadstavby. Byla opravena i kazatelna a křtitelnice ze sbírek farníků. Byly pořízeny nové sochy sv. Václava a sv. Vojtěcha vedle hlavního oltáře z řezbářské dílny v St. Ulrich Gräden v Jižních Tyrolech. Z téže dílny pochází i socha Panny Marie Lurdské a sv. Jana Nepomuckého na postranních oltářích. Původní obrazy z bočních oltářů byly přeneseny do zámecké kaple v Mirošově.
Hlavní práce na kostele probíhaly v letech 1900-1902, kdy klenba kostela opět hrozila sesutím, ve farní kronice je záznam o tom, že po odškrábání omítky byly v klenbě objeveny štěrbiny, že by se do nich mohla strčit ruka.
Celé klenutí, jehož pásy byly ze samých až čtyřcentových kamenů bylo roztrháno. Proto bylo nařízeno klenutí sejmout, aby se předešlo úrazu. Vytrhána byla i stará okna. Přes zimu zůstala celá budova otevřena drsnému počasí. V dalším roce byly vykonány potřebné zednické práce, dána nová okna a střecha pokryta šindelem.
Po těchto vnějších opravách byly nutné opět vnitřní opravy – opravena byla křížová cesta, oltáře znovu nalakovány a zlaceny, lavice a zpovědnice nabarveny atd. Byl také zřízen nový vchod ke kostelu. A tak se mohlo poprvé v dušejovském kostele uskutečnit biřmování v r. 1902 – do té doby se konalo pro Dušejov v Branišově. V roce 1917 se zde konala svatá misie, na památku byl při vchodu na hřbitov postaven pamětní kříž.
Další větší opravy probíhaly v letech 1927-1928, kdy kromě pokrytí střechy novým šindelem, bylo vyspraveno zdivo, kostel vybílen a zvenku nově nahozen.
R. 1927 byl prozatímním správcem kostela jmenován branišovský farář Václav Havrda, který zde připravil svaté biřmování. Ze sbírek farníků byly pořízeny dva zvony, které zhotovila firma Manoušek a spol. z Brna. Větší zvon vážil 204 kg, byl pokřtěn jménem sv. Bartoloměj, menší zvon vážil 109 kg a byl pokřtěn jménem Maria. Slavnostní svěcení zvonů se uskutečnilo 9. 11. 1930 za účasti mnoha lidí, svěcení provedl biskupský vikář Karel Kolářský.
Oba zvony však byly znovu rekvírovány za 2. světové války a po válce se menší z nich zásluhou pana děkana Prokeše a Miloslavy Čížkové z Dušejova vrátil zpět do věže kostela. Byl nalezen na skládce zvonů v Praze na Maninách.
Za působení P. Varhánka se opravovaly varhany. Po 2. světové válce uskutečnila další oprava, sice za velkých problémů ale i za ochotné pomoci farníků. Za působení děkana Jana Prokeše bylo zavedeno elektrické osvětlení. V době působení faráře Bohumila Černého se opravovala fasáda v letech 1962 – 1966, věž kostela v r. 1967.
Poslední generální opravy vnitřku i vnějšku se kostel dočkal po nástupu P. Jaroslava Moštěka a probíhala v letech 1984-1989. Obnova kostela začala na jaře 1984 generální opravou vnitřku. Práce uvnitř chrámu trvaly dva roky. Při vnitřní opravě byl také stržen boční oltář, který byl do výšky dvou metrů shnilý, rovněž byla odstraněna křtitelnice a zpovědnice, napadené hnilobou a plísní.
Závěrečné práce – nástěnné malby na klenbě nad presbytářem a bočních stěnách, vytvořil malíř Bedřich Barták z Prahy a úryvky z evangelií doplněné anagramy Maria a PX pak František Ernygr z Teplic.
Po skončení vnitřní opravy se započalo s vnější opravou kostela, která trvala tři roky. Nejprve se zalešenila věž a po otlučení staré omítky, byl kostel znovu nahozen a obílen. Veškeré práce probíhaly svépomocí, hlavně o sobotách a ve všední dny odpoledne – „ po práci“. S otloukáním omítky pomáhali nejen lidé z Dušejova, Boršova, Jedlova a dalších obcí, ale přijeli brigádníci až z Hovoran u Hodonína a z farnosti Raná u Hlinska, bývalých působišť P. Moštěka.
Ze vzpomínek P. Moštěka:
„Oprava kostela svatého Bartoloměje dala sice velkou fušku, trvala pět roků, ale kromě materiálu se nic neplatilo. Honorář dostal malíř obrazů a malíř textů, ale nebyl nijak ohromující, v té době šlo umělcům o víc než o peníze, o možnost vůbec se projevit na veřejnosti a tu jim nabízely chrámy.
Dále se zaplatilo klempířům za nové okapové žlaby a roury, horolezcům za oplechování báně. Zedníci nebrali plat, jen k Vánocům jsem jim dával zahraniční bony a nějaký zarámovaný obraz na památku.“
Pravdou však je, že rozhodující bylo úsilí P. Moštěka, který celou rozsáhlou opravu řídil, organizoval a podílel se na všech pracích.
V průběhu let 2005-2006 byla opravena střecha kostela, v roce 2007 byly provedeny drobné opravy vnitřku (vyspravení a obílení zdí), v létě r. 2009 došlo na opravu a vyspravení opadané a odfouklé omítky podél celého kostela. V roce 2010 byla zhotovena nová okna do obou bočních místností (sakristie a přípravny), protože stávající okna byla v dezolátním stavu.
V letech 2011-2012 byla provedena rekonstrukce a rozšíření kostelních lavic. Na podzim 2012 byly zahájeny přípravy na opravu a vyspravení zdi u zadního vchodu pod věží, opravy byly dokončeny v červnu 2013. Koncem roku 2015 bylo v kostele nainstalováno nové ozvučení a došlo také k vyspravení odfouklých šablon na věži kostela.